Universitas Cenderawasih merupakan perguruan tinggi negeri tertua di tanah Papua. Sejarah dunia pendidikan di Papua, cukuplah panjang. Dimulai dengan hadirnya peran gereja baik Protestan pada tahun 1856 dan Katholik tahun 1921 telah memberikan kontribusi signifikan.
Pada awal tesebut telah berdiri Sekolah Desa (Dorpschool), Sekolah Sambung (Vervolgscool), Sekolah Teknik Rendah (Lagere Techische School), Sekolah Kerumahtangga (Huis shoudscool), Sekolah Guru (Kweekschool), dan Sekolah Tingkat Menengah yaitu HBS (Hobere Burger School) terdapat di Hollandia (Jayapura).
Dilansir dari situs resmi Universitas Cendrawasih, uncen.ac.id disebutkan pendidikan terbatas ini tidak mematahkan semangat Pemerintah Indonesia untuk membuka salah satu pendidikan tinggi di tanah Papua, sehingga pada tanggal, 10 November 1962, di kota baru (Jayapura sekarang) berdasarkan Keputusan Presiden RI No.389, tanggal 31 Desember 1962 dan Keputusan bersama WAMPA / Kordinator Urusan Irian Barat (sekarang Papua), dan Menteri PTIP. No.140 / PTIP/ 1962 tanggal 10 November 1962. Saat itu Irian Barat secara Administrasi masih dibawah Pemerintahan United Nations For Temporary Authority (UNTEA).
UNTEA dibentuk oleh dan dibawah yuridiksi Sekertaris Jenderal Perserikatan Bangsa- Bangsa (PBB), yang secara administrasi Papua atau Irian Barat pada masa itu belum secara resmi kembali ke Negara Republik Indonesia dan pada tanggal 1 Mei 1963 Papua atau Irian Barat secara resmi diserahkan ke Negara Indonesia. Dengan demikian Uncen merupakan satu-satunya lembaga Pemerintahan RI yang pertama berdiri di Irian Barat (Papua), di samping perwakilan RI.
Masa Persiapan
Berbeda dengan proses pendirian Universitas lain di Indonesia pada masa itu, pada masa Irian Barat belum dikembalikan ke Indonesia, Universitas Cenderawasih didirikan atas “Amanat Paduka yang Mulia Presiden / Panglima tertinggi yang menginstruksikan melalui Wampa Urusan Man Barat dan Wampa Urusan Kesejahteraan Rakyat supaya secepatnya didirikan suatu pendidikan tertinggi di Irian Barat.
Pada tanggal 1 Oktober 1962 dibentuk panitia persiapan Pendiri Universitas Negeri di Jayapura (Hollandia) (Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan: P.T.I.P. No. 131, Tahun 1962 tanggal 9 Oktober 1962). Panitia Persiapan itu bertugas mengadakan persiapan pendirian suatu Universitas Negeri di Jayapura dan wajib melaporkan segala sesuatu tentang penyelenggaraan tugas dan hasilnya Kepada Biro Pengajaran dan Pendidikan Departemen P.T.I.P. Boestaman S.H. selambat-lambatnya tanggal 31 Oktober 1962. Adapun panitia persiapan itu adalah Major Djenderal pensiun Prof. Dr. R. Moestopo sebagai Ketua merangkap anggota, Prof. Soegarda Poerbakawatja dan Ismail Suny, S.H., M.C.L sebagai anggota.
